Naučno-istraživački rad na Poljoprivrednom fakultetu odvija se unutar istraživačko-razvojnih instituta koji su sastavni dio fakulteta.
Poljoprivredni fakultet ima 5 instituta:
Institut za ratarstvo i povrtarstvo,
Institut za voćarstvo, vinogradarstvo i hortikulturu,
Institut za stočarstvo,
Institut za ekonomiku poljoprivrede i
Institut za agroekologiju i zemljište.